La Sinagoga de Samuel ha-Leví, conocida popularmente como “Sinagoga del Tránsito “es la muestra arquitectónica más importante del pasado hispano-judío. Forma parte del Museo Sefardí y es sin duda, la pieza más significativa de todo el museo, articulándose el resto de la colección en torno a ella. Fue construida en 1355, de estilo gótico-mudéjar, por Samuel ha-Leví Abulafia, almojarife en la corte del rey Pedro I de Castilla, el Cruel.

 En su interior muestra un enorme “salón” de oración en el que destaca la perfecta fusión de elementos decorativos de las tres culturas: frisos epigráficos hebreos e islámicos conviven con filigranas geométricas y vegetales típicamente musulmanas, y con motivos florales y heráldicos propios del gótico.
La primera sala introduce al visitante el marco histórico, geográfico y cultural de los orígenes del pueblo judío en el Próximo Oriente Antiguo, donde según los escritos bíblicos se originaron las tradiciones que perduran en la vida cotidiana de este pueblo. Se muestran objetos arqueológicos fechados entre el 2000 aC. y el siglo I dC., así como una gran variedad de objetos culturales relacionados con lo que es y lo que significa ser judío, sus creencias y costumbres. Destaca una Torah (Ley o libro sagrado del judaísmo, formado por el Pentateuco) y una serie de objetos litúrgicos y sinagogales.

En otras dos salas se exponen los principales testimonios de la cultura material de la presencia judía en España; desde su llegada a la Península Ibérica, su vida en época romana y visigoda, su desarrollo en Al-Andalus así como en los reinos cristianos durante los siglos trece y quince, los conversos, la Inquisición y la expulsión en 1492.

En el patio Norte, a modo de necrópolis, se exponen algunas de las lápidas sepulcrales de personajes judíos y que proceden de diversos lugares de España. En el patio Este se conservan los restos arqueológicos de unos posibles baños públicos de la antigua judería de Toledo y el suelo del antiguo hejal (muro principal) de la sinagogas.